O template NOVAthesis suporta várias Escolas/Faculdades de várias universidades (e.g., FCT-NOVA, FCSH-NOVA, NOVA-IMS, FC-UL, IST-UL, …) e as definições para todas estas escolas ocupam algum espaço em disco nos  sources  do template. Como a informação associada a cada Escola está dentro de uma pasta específica, é possível eliminar todas as pastas das Escolas que não nos interessam sem afetar o bom funcionamento do template. Caso pretenda reduzir o tamanho ocupado pelos sources do seu documento, pode aceder à pasta “ LaTeX / novathesis-files / Schools ” e apagar todas as sub-pastas que não interessam (i.e., que não correspondem à sua Escola).  A organização dentro desta pasta é “ Acrónimo da Universidade / Acrónimo da Escola ” Por exemplo, um aluno da FCT-NOVA pode eliminar integralmente a pasta “ UL ” e, depois, dentro da pasta “ NOVA ” eliminar as pastas de todas as Escolas excepto a FCT. Pode ainda eliminar sem receios as pastas “ LaTeX / Examples ”  e  “ LaTeX / Scripts ” .  

O LaTeX é um processador que lê um ficheiro, processa-o, e gera outro ficheiro com o resultado do processamento.  O primeiro ficheiro (de entrada) é um ficheiro de texto, frequentemente chamado de ficheiro fonte , que contém o texto do nosso documento e comandos LaTeX que especificam maioritariamente a estrutura desse documento.  O processamento realizado pelo (pdf)LaTeX gera um ficheiro PDF que, com base em templates de visualização, contém uma representação tipográfica do nosso texto. O ficheiro fonte, normalmente com a extensão “ .tex ”, contém com frequência referências para figuras, tabelas, equações, ou outros objectos numerados presentes no documento, bem como citações de outros documentos presentes na bibliografia.  Em ambos os casos, quando o processador LaTeX encontra uma referência para um objeto (e.g., “ blah~\ref{fig:label} blah ”) ou uma citação bibliográfica (e.g., “ blah~\cite{fig:label} blah ”), estas podem referenciar algo que só está definido mais à frente , pelo q